迷失岛2中的关卡设计以非线性解谜为核心，玩家需要通过环境互动、道具收集和逻辑推理逐步推进剧情。游戏中的谜题类型多样，包括密码破译、机关操作、时空穿越等，每个环节都紧密关联场景叙事。例如灯塔密码需要从船员对话中获取方位提示北南西东东北，转化为英文首字母缩写NSWEEN才能开启大门；而时间机器的激活则依赖两块特殊石头和笔记本涂抹显示的隐藏密码，这种设计强化了探索与发现的沉浸感。
环境交互类谜题占据重要比重，玩家需观察场景细节并合理运用道具。比如在码头船舱内，需将鱼饵投入鱼缸获取数字密码，通过几何图形与数字的对应关系（圆形代表1，五边形代表5，嵌套图形叠加计算）破解控制台；实验室的电路修复则需要胶带连接断线，并依据外星人尸体旁的符号排列激活装置。这类谜题考验玩家对场景信息的整合能力，道具往往具有多重用途，如蓝莓既可喂食鸟类触发剧情，也能作为其他谜题的辅助工具。
机械装置类谜题常采用华容道或电路连接机制。灯塔三层的灯光谜题存在两种变体：单铁块版本只需滑动最右侧模块即可解开，双铁块版本则需更复杂的路径规划；工厂大门的电路板要求玩家点亮所有节点，且每条线路延伸方向不可更改。这类设计强调空间思维，失败后允许重复尝试，但部分机关如神庙密室的六边形石块拼图需要集齐全部碎片才能解锁，推动玩家进行全地图探索。
时空穿越谜题构成游戏的核心叙事逻辑。二周目新增的密室系统要求玩家收集六个三角形石块，其位置分布在一周目无法到达的区域，如火箭二层冷冻舱旁。通过对比神庙壁画与石碑图案，可推导出数字密码49180375来启动时间机器。笔记本最后一页被撕毁的密码需用铅笔涂抹显现，这种设计将道具功能与剧情线索深度融合，强化了解谜的层次感。
二周目不仅复用一周目场景，还通过新增道具和密室扩展解谜维度。例如金字塔门口的华容道谜题需将红色方块移出网格，成功后开启的密室需参照外星人实验室墙上的眼睛睁开规律输入密码。这种设计使玩家在熟悉场景中面临全新挑战，而隐藏成就如蓝色能量块的获取，则需要综合运用时空穿越与符号破译能力，体现游戏谜题设计的整体性。
